El Canal Beagle es un sistema semicerrado, donde las entradas y salidas del agua son limitadas. Por eso la contaminación producida por la actividad salmonera se acumulará.

El Canal Beagle funciona parecido a un fiordo, el agua relativamente menos salada está en la superficie y es la que es llevada por las corrientes. En particular el sector comprendido entre Punta Divide y Paso Mackinlay, es un cuerpo de agua semi-confinado, cuya comunicación con los Océanos Pacífico y Atlántico  está restringida por la presencia de bancos y pasos de escasa profundidad, lo que permite suponer unas tasas de renovacion de agua más bajas a las que se dan en sistemas costeros más abiertos.

La comunicación con el océano Atlántico se produce a través del angosto Paso Mackinlay, de 20 metros de profundidad. Este paso y el contiguo banco Herradura presentan un abrupto bajo fondo, respecto a la zona situada al oeste (Canal Beagle desde Faro Eclaireurs hasta Monte Punta Arbol), donde la profundidad a lo largo del canal oscila entre 100 y 200 metros. Este salto en la profundidad, en combinación con la ocurrencia estacional de estratificación termohalina, hacen del sector al SE de Puerto Almanza una potencial zona de acumulación de materia orgánica particulada proveniente del oeste. La limitada circulación de las aguas junto a la sobrecarga de materia orgánica y la introducción de organismos de alta demanda metabólica de oxígeno puede conducir a la reducción del contenido de oxígeno (hipoxia o anoxia) del ambiente marino en la zona de influencia de la instalación de jaulas de salmones.

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